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华大基因破解“毒黄瓜”菌株基因
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华大基因破解“毒黄瓜”菌株基因

分类:
综合新闻
作者:
来源:
2011/06/13

 

 

    本报讯(记者崔霞李博)6月2日,华大基因研究院、德国汉堡大学医学院、中国疾病预防与控制中心和军事医学科学院微生物流行病研究所联合破解了德国近期流行的“毒黄瓜”疫情原因。

  以基因前沿研究著称的华大基因研究院有关人士向记者介绍,根据该院与德国汉堡大学医学院、中国疾病预防与控制中心、中国军事医学科学院微生物流行病研究所联合展开的研究显示,当前德国暴发的肠出血性大肠杆菌重大疫情是由一种新型具有超级毒性的大肠杆菌引起的。研究还发现,该菌株携带氨基糖甙类、大环内酯类、磺胺类等抗生素的耐药基因,导致抗生素治疗无效。

  华大基因研究院表示,德国大肠杆菌疫情暴发之后,该研究院成立专门研究小组对该细菌进行测序和生物信息学分析,以便尽快寻找到致病机理。在获得病毒样本后三天的时间内,华大基因完成了对该新型大肠杆菌的基因组测序。经过初步信息分析,发现该菌株是一种新的兼具侵袭、产毒、肠出血等特征的大肠杆菌。

  华大基因利用第三代测序仪进行了该大肠杆菌的全基因组测序。通过对序列的分析发现,该菌株属于血清型O104,但O104型大肠杆菌以前未见引起人类感染大规模暴发的报道。通过进一步比对分析发现,该菌株与2002年从中非艾滋病患者腹泻标本中分离的肠侵袭性大肠杆菌55989菌株的同源性超过93%。根据对基因序列的分析结果显示,导致疫情暴发的菌株通过基因水平转移获得了肠出血性大肠杆菌的毒力基因和毒力相关质粒,可能与该菌株强毒性和重症感染有关。

  研究还发现,该菌株携带氨基糖甙类、大环内酯类、磺胺类等抗生素的耐药基因,导致抗生素治疗无效。华大基因研究院表示,该院正在和中国疾病预防与控制中心、中国军事医学科学院微生物流行病研究所合作,进一步分析这些毒力相关基因的完整性和表达情况、耐药和毒力基因水平转移机制,并在更多暴发菌株中进行验证。

  据德国卫生部公布的数据,这场大肠杆菌疫情至今已导致17人丧生。连日来,肠出血性大肠杆菌也蔓延到其他不少欧洲国家和美国。据世界卫生组织公布的最新统计,除德国外,已有奥地利、丹麦、法国、荷兰、挪威、西班牙、瑞典、瑞士、英国和美国等国报告了肠出血性大肠杆菌感染病例或其严重并发症。

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